昌吉回族自治州地处天山北麓，准噶尔盆地南缘，位于东经85°34′至91°32′，北纬43°06′至45°38′；

东邻乌鲁木齐和哈密地区，西与石河子市相接，南与吐鲁番、巴音郭楞蒙古自治州相连，北与阿尔泰、塔城地区接壤，东北与蒙古国交界，从东、西、北三面环抱乌鲁木齐市；东西长541公里，南北宽285公里，总面积9.39万平方公里， 是古代举世闻名的 丝绸之路 新北道通往中亚、欧洲诸国的必经之路。

昌吉州物华天宝，自然资源十分丰富，全州共有土地资源1.41亿亩，其中可耕地1057万亩；有天然森林370万亩，木材储量2300万立方米；有草场9981.3万亩，其中可利用草场面积8670.2万亩。此外，全州还有50余种矿产资源，其中储量最丰的有石油、煤炭、铁、铜、金、玉石、硭硝、天然气、石棉、铬、锌、铝、池盐、珍珠岩、石英、石墨、膨润土、云母、石灰、沸石、油页岩等。

目前已探明的油田已有9个，总面积200平方公里，将成为国家重要的石油产地。煤炭和铁的储量都位列全疆之首，其中煤炭储量约250亿吨。昌吉州野生动物资源也十分丰富，诸如野马、野驴、鹅喉羚、北山羊、雪豹、马鹿、雪鸡、哈熊等。

早在新石器时代，昌吉地区就有人类活动，创造出灿烂的 四道沟文化 。西汉时，本境属西域36国之一的车师国，后车师国分前部和后部，本境即属车师后部。

公元前102年，汉在西域设 使者校尉 时，汉军队便统治了这一地区。汉宣帝元康四年（公元前62年）在北庭（今吉木萨尔县）设戊已校尉，前后行政400余年。唐贞观14年（公元640年），设庭州，辖金满、轮台、蒲类、西海四县，相当于今昌吉州的大部分地区。

武后长安二年（公元702年）设北庭大都护府，辖天山以北，巴尔喀什湖以南的广大地区，谱写出古西域史上最辉煌的篇章。宋时，本境先后属吐蕃、回鹘汗国。元宪宗初年（公元1229年），在本境设 尚书省 ，后元国势颓败，西域各自为政，本境属察合台汗国。公元1697年，清康熙灭噶尔丹部，本境随归清治。乾隆二十七年（公元1762年），本境属伊犁将军管辖，后乾隆在迪化设镇迪道，辖本境大部。光绪十年（公元1884年），新疆建省，昌吉州大部归迪化府。